收集的几个绘制Fancy的分子模型的软件

呐,这个严格来说不是一个原创的内容。因为我也是在网上看到后才开始尝试使用的,所以无非是在原教程的基础上增加了少量个人的内容。

绘制分子的三维图形最常用的就是 Chem3D 和 Gaussview,但是这两个软件所绘制出的图形并不是很美观。所以需要做展示时,我认为可以考虑使用一些专门的软件来得到更为 Fancy 的图形。

(本文不详细介绍软件及详细讲解软件的使用,可以自行尝试使用,其实这就是我现在的情况)

如果以后又了解到更多的这类软件,会进行更新。

以咖啡因分子为例,一下分别是用 Chem3D 和 Gaussview(其实是在 Chem3D 中绘制好后,保存为 .pdb 格式再分别用其软件打开)绘制的:

Chem3D
图 1 Chem3D

Gaussview
图 2 Gaussview

QuteMol

这个软件较为简单,界面如下:
程序界面
图 3 程序界面

presets 是一些预设风格,geometry 是选择分子模型的类型(球棍模型、陶斯特模型等),customize 是设置颜色、光影效果等渲染相关的选项。
通过它,我们得到的图形如下:
QuteMol
图 4 QuteMol

Discovery Studio Visualizer

除了可以打开已保存的分子信息文件,这个软件还可以通过直接从 ChemDraw 中粘贴分子来生成分子模型。
Discovery Studio
图 5 Discovery Studio…

ORTEP

这个软件可用来绘制椭球图。对学术用户 license 是免费的(有个 edu 邮箱就可以了)。
这种椭球图常见于学术期刊中。
这个软件不能直接导出 .jpg、.png 之类的图形格式,但是这个软件支持通过 GSview 生成 .eps 格式的图形,个人觉得更好(放缩时比较有优势)。
ORTEP
图 6 ORTEP

参考:

让你的分子更漂亮!–如何画出梦幻般的3D分子
能绘制原子球上带十字形线的分子结构图的几种软件和用法

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